Das Land liegt umgeben von denen im Norden und Nord-Osten angrenzenden Ländern Libanon und Syrien. Im Osten grenzt Israel an Jordanien und das Westjordanland, im Süden an Ägypten und im Südwesten an den gut 40 km langen Gaza-Streifen. Westlich wird das Land vom Mittelmeer begrenzt. Die geographische Lage ist 34° - 29° nördliche Breite und 34° - 36° östliche Länge. Das lang gestreckte Land teilt sich in drei Klimazonen auf. Während es in der Küstenebene, zu der beispielsweise Tel Aviv gehört, im Sommer feuchtheiß und im Winter regenreich und mild ist, herrschen im Bergland, rund um Jerusalem ein warmer und trockener Sommer sowie kalte Winter. In der Wüste Negev, die sich über die südliche Landeshälfte erstreckt und rund 12950 Quadratkilometer einnimmt, sind die Sommermonate heiß und trocken und die Wintermonate mild.
Der Jordan ist Israels längster und wichtigster Fluss. Die Quelle des Jordan entspringt an der libanesisch-syrischen Grenze am Berg Hermon. Der Jordan fließt durch den See Tiberias und mündet schließlich in das Tote Meer. Im See Tiberias, der auch See Genezareth genannt wird, gibt es viele Fischarten sowie eine große Zahl von Flusskrebsen und an den Seeufern leben neben Pelikanen und Lappentauchern auch Schild- und Wasserschildkröten. Ganz gegensätzlich dazu ist das Tote Meer. Der Salzsee, der zwischen Israel und Jordanien liegt, ist mit seiner Wasseroberfläche, die etwa 408 Meter unter dem Meeresspiegel liegt, der tiefstgelegene See weltweit. Die höchste Erhebung des Landes ist der 1208 Meter hohe Berg Meron. Die Flora Israels umfasst über 2800 Arten, viele davon gehören zu den dürreresistenten Gattungen. Die Fauna zählt etwa 116 Säugetier- und 180 Vogel- und 80 Reptilienarten. Das Land liegt auf der Route von Zugvögeln auf ihrem Weg von Europa oder Asien nach Afrika fliegen. Zu einigen der bemerkenswerten Vogelarten gehören der Kuhreiher, Löffler, Rosaflamingos sowie Steppenadler, Wüstenfalke, Kaptäubchen oder Eisvogelarten wie Braunlist und Graufischer. Neben den Großraubtieren wie Wolf, Leopard, Goldschakal und Streifenhyäne leben in Israel auch verschiedene Schleichkatzenarten sowie der Honigdachs und der Sandfuchs. Aber auch Paarhufer wie Gazellen sind in Israel beheimatet. Die Reptilienfauna wird repräsentiert durch Eidechsen, Schlagen, Chamäleons und Meeresschildkröten.